في العاشر من إبريل لعام 1999م، أصدر المغفور له الشيخ مكتوم بن راشد آل مكتوم نائب رئيس الدولة، رئيس مجلس الوزراء ـ حاكم دبي المرسوم السامي رقم (5) والخاص بإنشاء جائـزة الشيخ حمدان بن راشد آل مكتوم للعلوم الطبية. بهدف تكريم العلماء من كل انحاء العالم. وذلك بهدف تكريم العلماء في كل جزء من العالم والذين يسعون بلا كلل من اجل بحوث الطبية مميزة التي تخدم المصالح الكبرى للبشرية تم تكليف مجلس الأمناء والأمانة العامة لجائزة الشيخ حمدان بن راشد آل مكتوم للعلوم الطبية في مايو عام 1999بتوجيهات من سمو الشيخ حمدان بن راشد آل مكتوم نائب حاكم دبي، وزير المالية.
تعتبر جائزة الشيخ حمدان بن راشد آل مكتوم للعلوم الطبية الجائزة الأبرز على نطاق مجلس التعاون لدول الخليج العربي وقوة دافعة ومحفزة للإرتقاء بالخدمات الطبية من خلال تكريم العلماء الذين ساهموا في تطوير تلك الخدمات على مستوى العالم وسعياً لتشجيع باقي الأطباء ليحذوا حذوهم ويساهموا بصورة مباشرة في تطوير أنشطة البحث العلمي والطبي على مستوى العالم.
تؤكد الجائزة على أهمية دعم البحث العلمي وذلك لدوره في تعزيز التقدم في دولة الإمارات العربية المتحدة، كما تلعب الجائزة دورا فعالا في تقديم المنح للباحثين من خلال برامج رائدة. وقد أثبتت الجائزة نجاحاً على نطاق واسع، تم الاعتراف به من قبل الخبراء الدوليين وكبار الباحثين الذين يتنافسون للحصول على الجائزة. هذا النجاح إنعكس على سمعة الجائزة الدولية ومصداقيتها العلمية العالية ومستوى أدائها.
